Протоиерей Иоанн Лапидус родился в 1973 году в г. Риге (Латвия).
В 1990 году окончил рижскую среднюю школу N 10.
В 1991 году поступил в Московскую Духовную семинарию, которую окончил в 1995 году по первому разряду, с 1995 по 1999 год обучался в Московской Духовной академии. В 1999 году был удостоен степени кандидата богословия за диссертацию по кафедре истории Древней Церкви на тему «Святой Софроний, патриарх Иерусалимский, и его борьба с монофелитством».
В 1999 году ректором Московских духовных школ архиепископом Верейским Евгением в академическом Покровском храме был рукоположен в сан диакона.
С 1998 по 2003 год преподавал новогреческий язык, основное и сравнительное богословие в православной классической гимназии в Ховрино (Москва).
С 1999 по 2000 год проходил диаконское послушание в храме Христа Спасителя и вхраме святых мучеников Адриана и Наталии.
В 1999 году поступил в аспирантуру Московской Духовной академии при Отделе внешних церковных связей Московского Патриархата, которую закончил в 2001 году.
В 2000 году Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II в храме-часовне Архистратига Божия Михаила у Бородинской Панорамы (в Кутузовской слободе) был рукоположен в сан священника.
С 2000 по 2004 год — клирик храма святой мученицы Татианы при Московском Государственном Университете.
С 2001 по 2003 преподавал историю Древней Церкви в Российском Православном университете св. Иоанна Богослова.
С 2002 года — сотрудник Секретариата по межхристианским отношениям в Отделе внешних церковных связей Московского Патриархата, специализация — отношения с Римско-Католической Церковью. В качестве сотрудника ОВЦС МП принимал участие в работе многочисленных конференций, семинаров, рабочих групп по проблематике православно-католических отношений.
Во вторник Светлой Седмицы 2004 года был награжден камилавкой.
В 2004 году указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II был назначен на служение в храм во имя преподобного Сергия Радонежского в г. Йоханнесбурге (ЮАР).
На Пасху 2006 года был награжден правом ношения наперсного креста.
5-го ноября 2008 года указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II во внимание к усердным пастырским трудам и в связи с 10-летием основания Свято-Сергиевского прихода и 5-летием освящения храма был удостоен сана протоиерея.
10 октября 2009 года был назначен настоятелем храма Воскресения Христова в г. Цюрихе, Швейцария.
15 марта 2012 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви в связи с окончанием срока командировки был направлен в распоряжение Патриарха Московского и всея Руси.
С 4 сентября 2012 года – штатный клирик в храме св. мц. Татианы при МГУ.
С 1 сентября 2013 года – преподаватель Московской Духовной Академии.
С 1 ноября 2016 года — настоятель строящегося храма свв. равноапп. Кирилла и Мефодия при МГУ им. М. В. Ломоносова.
Женат, имеет шестерых детей.